液體樣品
液體樣品比較容易獲得，液態食品一般盛放在大罐中，取樣時可連續或間歇攪拌。對于較小的容器，可在取樣前將液體上下顛倒，使其混勻。取得的樣品應放在已滅菌的容器中送往實驗室，實驗室在取樣檢測之前應當把液體再混勻一次。
固體樣品
固態樣品常用的取樣工具有解剖刀、勺子、軟木鉆、鋸、鉗子等，使用前均須滅菌。如奶粉等已經混勻的食品，其成分質量均勻穩定，可以抽取少量樣品檢測；散裝樣品要從多個點取樣，且每個點都要單獨處理，在檢測前要混勻；肉類、魚類或類似食品既要在表皮取樣，又要在深層取樣，深層取樣時要小心不要被表面污染。
水樣
取水樣時，用帶有防塵磨口瓶塞的廣口瓶。
如果樣品時從水龍頭上取得，龍頭嘴的里外都應擦干凈。打開水龍頭讓水流幾分鐘，關上水龍頭并用酒精燈灼燒，再次打開水龍頭讓水流1-2min后再接樣并裝滿取樣瓶。如果檢測的目的是用于追蹤微生物的污染源建議還應在水龍頭滅菌前取樣會在龍頭的里外用棉拭子涂抹取樣，以檢測水龍頭自身污染的可能性。
從水庫、河流、井水等取水樣時，用無菌的器械或工具拿取瓶子和打開瓶塞，在流動水中取樣品是瓶嘴應直接對著水流。
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